Model bangunannya berbentuk pentagonal asimetris, atau lima sisi yang tidak saling bertemu. Melambangkan kehidupan manusia yang tidak sempurna. Di sisi lain angka 5 juga merupakan simbol Pancasila. Umat Katolik bisa beribadah dan melaksanakan kewajiban agama dengan baik, karena kita memiliki Pancasila dan umat katolik semua berlindung di bawahnya.
Dari kelima singkap yang ada, posisinya tidak rata. Ada yang naik, ada pula yang turun. Itu merupakan simbolisasi dari gelombang. Melambangkan posisi geografis Kabupaten Pacitan, yang memang berdekatan dengan Samudera Indonesia. Maka gereja katolik ini juga mengangkat nilai atau kearifan lokal yaitu ini simbol dari gelombang Samudera Selatan
Dari sisi ajaran gereja, bangunan ini juga sarat makna iman Katolik. Salah satunya tergambar dengan huruf M. Karakter ini merujuk pada Bunda Maria. Sosok yang melahirkan Yesus Kristus sekaligus perlindungan bagi umat Katolik. Secara umum, bentuk bangunan yang mirip kapal juga memiliki arti khusus. Gereja, tak ubahnya kapal yang berlayar di samudera yang sangat luas. Samudera sendiri dimaknai kekuasaan Tuhan yang tanpa batas.
Bagian dalam gereja juga tak kalah unik. Material yang digunakan merupakan batuan asli Pacitan. Sedikitnya ada 40 jenis batu alam yang diambil dari seantero wilayah Kota 1001 Gua, yaitu jenis: andesit, marmer, jesper, fosil kayu serta beragam jenis lain. Mulai dari bagian lantai termasuk bagian depan altar semua terbuat dari batu. Khusus untuk mozaik dinding itu terdiri dari 10 jenis batu. melambangkan 10 perintah Allah yang diturunkan kepada Nabi Musa, yang menjadi sandaran bagi agama-agama samawi. Demikian yang dijelaskan oleh Romo Sabas Kusnugroho, pastur kelahiran Gunungkidul, DIY
Romo Sabas, yang juga aktif di kegiatan sosial di gereja tersebut, yakin geliat pariwisata Pacitan ke depan akan terus berkembang. Karenanya, keberadaan gereja kapal ini nantinya diharapkan memperkaya khazanah turisme, terutama wisata rohani. Keberadaan gereja yang ikonik juga sekaligus wujud sumbangsih umat Katolik bagi dunia pariwisata Pacitan.Karena gereja ini bukan hanya milik umat Katolik tetapi juga milik masyarakat Pacitan,
Nilai lokalitas lain yang dimasukkan dalam unsur bangunan adalah mitigasi bencana. Seperti diketahui, sebagian titik di Kota Pacitan merupakan kawasan rawan bencana banjir. Alasan itu pula yang mendasari dibuatnya konstruksi gereja relatif tinggi. Ruangan di dalamnya juga dirancang sedemikian rupa sehingga dapat digunakan untuk tempat evakuasi sementara saat bencana.
Lalu bangunan miring ini kalau ada gempa, material akan jatuh keluar sehingga tidak menimpa orang-orang yang ada di dalam, pungkas Romo Sabas terkait tempat ibadah yang mampu menampung sekitar 100 jemaat tersebut.
